Il servizio MS SQL Server non ha una sua gestione sul pannello gestione domini del vostro sito.
Per utilizzare il servizio sql server basta infatti inserire il database .mdf nello spazio web.

Una volta copiato il database è sufficiente far si che l'applicazione si connetta al server
utilizzando una connection string come questa:

Server=.\SQLExpress;AttachDbFilename=|DataDirectory|XXXXX.mdf; Database=xxxxx;Trusted_Connection=Yes;

o questa:
Data Source=.\SQLEXPRESS;AttachDbFilename=|DataDirectory|\XXXXX.MDF;Integrated Security=True; User Instance=True;Initial Catalog=XXXX

dove al posto di xxxx dovrete indicare il nome del vostro database.